一，司法公正的前提：法治与司法独立
司法公正，既是国家和社会保持秩序和稳定运行的前提，又是国家法律制度的目标。而司法公正的实现，既需要法治的确立，又需要司法独立的实现。
所谓法治，法治（Rule of Law），是指法律是社会最高的规则，法律‘凌驾一切’，没有任何人或机构可以凌驾法律之上。所谓法律‘凌驾一切’，指的是任何人都必需遵守，甚至是法律的制订者和执行者本身亦需要遵守，法律本身不得被轻慢。政府的行为必须是法律许可的，而这些法律本身是经过某一特定程序产生的。
现代法治观认为：首先，法是主体，宪法至上；法是理性、正义，权源于法，没有任何一种权力能凌驾于法律之上，而必须受法律的约束。统治者没有个人意志，只是说话的法律。其次，主权在民，而且在全体人民，只有全体人民或全体人民选出的代表集体(议会或国会)才能制定宪法和法律，任何个人、团体或政党都不能制定宪法和法律。第三，法治与政治体制密切相关，要实行法治，必须建立立法、行政、司法三权分立并相互制衡的政治体制，特别要保证司法机关的独立性。法治的一个重要含义就是分权。法治的核心是他律而不是自律。它所强调的不是官员对自己的道德约束——尽管这是极为重要的，而是人民对官员的控制与官员之间的相互控制。因此，它要求在政府内部建立相对分散与独立的权力中心，以实现不同部门之间的相互制衡。任何政府都有立法、执法和司法三大主要职能，把这三个机构分开并保证其相应地独立地位，是法治的一个基本条件。第四，法律不仅要具有普适性，而且具有公共性，符合公共利益。是社会中所有人的个人利益之和。
司法独立则包括两个层面，一是观念层面，二是制度层面。就观念层面而言，司法机关应当形成自己的职业化的观念，即形成司法职业所共有的某些理念，这些理念保证法官在类似的案件中有可能作出类似的客观的而非纯个人的判断。制度层面的内容要求司法人员能按自己的观念和规则办事。两者缺一不可，相互促进。
就制度层面而言，司法独立要求做到：（1）司法权由司法机关（法院）统一行使，不受行政机关和立法机关干预，公民个人或非国家机关的社会团体更不能干预。当然，立法机关可以对司法机关予以监督，但主要是通过立法手段及对法官的弹劾权进行监督，不得干预个案的审判。（2）司法系统内部相互独立，即一个司法机关的司法活动不受另一个司法机关的干预。法院上下级关系只是审级关系，上级法院除依上诉程序、调卷令等有关程序对下级法院的审判行为予以监督外，不得干预下级法院的审判。（3）法官独立审判，只服从法律，这是指一个法院内部不存在上下级服从关系。法院是法官办案的地方，用一句通俗的话来讲，法院里法官最大，用德沃金的话来说就是：法官是法律帝国的王侯，除了法律以外法官不服从任何别的权威。（4）法官保障制度。这是从社会地位、经济收入方面保障法官无所顾及的捍卫法律。法官的地位及待遇来自法律，不是他的上级。这就包括由法律规定法官的职权，不可削减的待遇及其职位保障。
司法独立，还有一个不可忽略的目标就是法官的非政治化、非政党化。因为如果不独立于一定的政治集团，法官在碰到与政治相关的案件的时候，就会产生“自己人审自己人的问题”或者反过来产生“自己人审判外人”的情况。第一种情况使司法失去社会信任，使社会产生“审判是演戏”的感觉。第二种情况使法官失去当事人的信任，因为当事人确信法官有政治偏见（法官与他不属一个政党）。这两种情况都有违法官中立的原则，它会将中立的审判变成“政治的审判”。
二，政法委对法治和司法独立的侵蚀
从表面上看，我国的“刑事诉讼法”针对公安、检察机关，法院之间的相互制衡关系进行了规定，例如，第三条规定了专门机关的职权：对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。第五条规定了法院、检察院各自独立行使职权：人民法院依照法律规定独立行使审判权，人民检察院依照法律规定独立行使检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。第七条规定了公、检、法三机关的相互关系：人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律。如果单纯从理论来讲，确实通过公检法权力分立的形式，从体制上保证了法治和司法独立。但政法委的设立和存在，则完全侵蚀掉了公检法三权之间的制衡关系。
三，公器私用，从制度上建立了党对司法部门的领导，党权大于法的局面
中共中央及各级地方党委不仅要向同级政府的公安、检察与法院三大机关派出“党组”，以实现在内部领导公检法以外，而且在同级地方党委内部设有“政法委员会”，以统管同级的公检法机关。这样就在原有根据宪法所设立的政治体制之外插入了附加的体制，将党的体制和宪政体制牢牢地复合在一起。政法委既是党委的重要职能部门，又成为实际意义上的政法部门。当对案件的处理，包括审讯，在公检法机关内部发生重大分歧时，由该委员会拍板定案；或由该委员会直接上报同级地方党委决处。
司法独立要求司法权独立，同时，司法部门与其他部门之间的权力平等。而由于政法委的存在，就产生了无论是权威还是人事上都高于司法部门的部门。公安、检察、法院也就因此由国家权力机关变为中共一党的职能机关和办事机关，其作为宪政下的国家权力机关的应有独立功能，被削弱和抵消。
四，确保了政治高于法，政策高于法的原则。
2007年12月三个至上提出，接着全国司法界展开了“大学习，大讨论”活动，核心内容就是贯彻三个至上学说，由此在政治上确立和确保了“党的事业至上”成为司法领域中的至高政治原则。三个至上——党的事业至上、人民利益至上、宪法法律至上的并立，一方面表明了三者并非一致，也并非同一，另一方面表明了当党的事业、人民利益以及宪法法律是具有不同内容、相互区别时，我们必须给出一个顺序，要对于三者的效力位阶作出安排。那么，法官处理案件时，也需要对于上述三者进行考察，当三者统一时，应依据宪法和法律作出判决；当三者有矛盾时，应将人民利益置于宪法法律之上，将党的事业置于人民利益和宪法法律之上。也就是说，在效力位阶上，党的事业最高，人民利益次之，宪法法律再次之。直接阻碍了司法独立中的法官政治中立原则。
五，执法监督直接妨碍司法独立
执法监督是政法委的一个最重要的职能，具体包括支持和督促政法各部门依法行使职权，协调政法各部门的关系、重大业务问题和有争议的重大疑难案件。。1998 年, 随着中央政法委“关于加强党委政法委执法监督工作的意见”的贯彻实施, 政法委的执法监督工作也呈全面铺开之势, 并逐渐成为各级政法委的一项基本职能和重要工作内容。该意见指出，“各级政法部门应当认真落实党委政法委执法监督意见,对无正当理由拒不落实的,应当追究有关人员的责任”, 由此确立了政法委执法监督对公检法各机关的绝对权威性。
司法独立的一个重要内容是裁判（审判）独立，即司法机构中的法官的判决必须根据法律及事实作出判断，不受任何外在干预和影响；在司法事务的实践方面，不受行政或其他部门的干预，以内部有效运作来实践制度上的独立。而政法委的执法监督中最主要的形式是督办和协调案件，这样政法委就直接参与了具体的司法专业领域，既违反了司法专业化原则，又不符合程序法制原则。当某个案件被纳入协调范畴时，法官进行司法裁判的依据就不再局限于法律和事实，而是要同时听从党的政治判断和政治协调。
六，形成公安大于检察院和法院的权力关系。
无论是从法治出发，还是从司法独立出发，中国司法体制都规定了公安机关、检察院、法院各自独立行使职权，相互配合、相互制约的制衡关系。从理论上讲，这三个机关在权力上应该是平等独立、相互平衡和制约性的。但在实际当中，在三个权力机关之外又设置了属于高一级位阶的党的政法委，对三个职能机关进行统括，同时又基本是由公安局长兼任政法委书记，就变相形成了公安局指导检察院、法院的扭曲和错位的关系。
本来从机构和职能设置来讲，公安局是检察院的监督对象，同时，在整个司法流程中，检察院、法院对公安局都将起着制衡作用，但是如果政法委书记兼公安局长的体制，就使得本来作为被监督对象和被制衡机构的公安局，与监督和制衡机构——检察院、法院之间不再是平等的平衡机构，反而成为后者的领导。由于公检法三家占有的社会资源不同,资源之相对多寡直接影响他们的相对权力,资源较多者权力较大。从民间一直流传一句顺口溜“大公安,小法院,可有可无检察院”中也不难看出,在公检法三家关系中,公安向来是处于强势地位,掌握更多的社会资源。由于这种权力的不平衡,使得很多案件不可能完全依靠法律来解决；既然通过法律制度框架不能解决问题,当冲突发生时,通过制度外的政治途径解决就成为可能。
七，形成了公、检、法三家联合办案的流水线式方式，阻断了公、检、法相互独立和相互制衡
我国《刑事诉讼法》规定了公检法三机关互相配合、互相制约的原则。但由于政法委制度以及公安权力大于检察院、法院的体制的存在，公检法三家“兄弟机关”在绝大多数刑事案件的实际操作上，只有配合，丧失了制约。业内有一个通俗的比喻：公安机关是做饭的，检察院是送饭的、人民法院是吃饭的。做饭——送饭——吃饭，这一流水线作业形象地说明了中国公检法三家的配合关系。而当办案机关遇到疑难、或敏感、或重大的案件，当公检法三家意见不一致时，就要交由党的政法委来“定夺”。政法委在重大刑事案件办理过程中的协调在公检法三家只有配合、丧失制约方面产生了决定性作用。在政法委的领导和牵头之下，公检法三家就集体协商案件，根本没有了互相之间的监督。
司法独立和控审职能的分散，其制度意义除了防止出错之外，更在于出错之后有更大的可能得到纠正。而政法委对于司法独立的干扰所造成的流水线式办案体制，最重要的还不在于造就冤案，因为冤案是任何司法制度都无法彻底规避的。最恶劣的后果在于因为一种不受制约和分割的整体性权力的存在，使冤案一旦造成，就几乎彻底失去了昭雪的可能。
八，确保了利用公检法分立的形式建立党的专制统治
无论是党权大于法、党对司法的绝对领导，还是政治至上、政治高于法，都在于确保整个司法体制的政治倾向，即一切以党的利益和事业为重的中心。法制体制所追求的司法公正，都不能妨碍到党的利益和权力。
而现代政治运行的一个重心却是如何通过法治和宪政限制和制约强大的公权力，而保障私权利。中国的公权力的强大，更多体现为党权的强大。无论是党还是政府的一种运行重心都是为了加强和维护党的权力。这样，公权力与私权利之间的制衡，实际上就更多表现为党权力和私权利之间的制衡关系。而上述司法体制方面的政治性，则确保了党权力针对私权利的绝对优势。也就是说，司法体制就成为维护和加强党权的工具。
落实到具体司法案件中，当案件双方中一方为党，甚至可以扩大到一方为政府，另一方为私人（公民）时，司法就不再具有公正的，而只会成为保护党，打压私人（公民）的工具。党或公权力对私人（公民）权力的侵犯失去了制衡，（私人）公民权力失去了法律的保护。如现今的颠覆国家政权罪、泄露国家机密罪、诽谤罪等，经常被用于对公权力（党权）的保护和对私权利的打压。
从理论上讲，司法独立的宪法原则其目的应该是在于确立制衡国家权力的宪政秩序。其最重要的价值，不是保障法院在两个普通公民之间充当一个公正的裁判者，而是保障法院能够在公民和国家（政党）之间，也能够充当一个公正的裁判者，充当个人自由的保护神。然而在一套表面的公检法分工协助、独立执法的体制背后，政法委凌驾于宪法之上的不受制约的权力如同釜底抽薪，使通过法治对国家权力进行限制这一方向从根本上落空。
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