我国的转型正义社会工程，并非始于2017年12月《促进转型正义条例》的公布施行，早在1995年即先后有《戒严时期人民受损权利回复条例》、《二二八事件处理及补偿条例》（二二八事件处理及赔偿条例）、1997年有《戒严时期不当叛乱暨匪谍审判案件补偿条例》的颁行，只是重点放在对于政治受难者的权利回复与损害赔偿，原因在于台湾的民主转型属于变革（Transformation）模式，或称「协商式转型」（Negotiated Transition），是威权党国主导，而在反对势力的竞争与合作下的过程，在这种情况下，党国只想要转换其统治的正当性基础，不愿意让自己的声名受到太多伤害，甚至最终遭到政治清算，因此转型正义工程要想处理国家不法案件中的具体加害者责任问题，就受到了党国旧势力的回避与抗拒，乃至于反扑，所以当时李登辉领导的中国国民党政府，根本就不愿意去面对蒋中正和蒋经国两代统治台湾的历史功过，以及开放政府档案纪录和同意依证据调查众多个案的事实真相。
另一个促进转型正义和政治平反的重点，则是限定在台湾的二二八事件及其后台湾地区（台湾、澎湖、金门、马祖、东沙和南沙）戒严期间的政治案件，这和中华民国实际疆域就在台湾有关，而台湾既已实现了民主转型，所以台湾人就进一步可以运用手中的主权要求国家实现转型正义。
《促进转型正义条例》的立法，是奠基在民主进步党第二次执政且是完全执政的政治条件上，对国家不法的追究，则突破了原定二二八事件和戒严时期的范围，而指向威权统治时期，而威权统治时期，依第3条之界定，系指1945年8月15日至1992年11月6日之间，且地域未明文限定于台湾地区。
1945年8月15日，日本无条件投降，且宣布放弃了台湾主权，但中华民国直到10月25日才接收台湾，并宣布设立台湾省，纳入版图。中华民国未在台湾实施统治行为之时期，则何来威权统治下之国家不法？但1945年8月15日之后到10月25日，中华民国却在中国大陆实施训政，而且从10月25日接收台湾之后，中华民国威权统治的地域范围，是横跨台湾海峡两岸的，期间历经了1947年7月国民政府针对中国共产党颁布〈全国总动员以戡平叛乱令〉而就此展开的动员戡乱时期，12月在戡乱战争中开始的行宪，1948年12月全国戒严，1949年5月台湾戒严、直到1949年12月戡乱失利中央政府被迫由四川省成都市迁移至台湾省台北市，而且此后中华民国还是持续控制着大陆边界部分地区，1955年2月撤出浙江省大陈列岛，当前两岸分治的政治版图才告确定。
戒严时期不当叛乱暨匪谍审判案件补偿条例》明定只补偿《全国戒严令》范围内的金门马祖以及《台湾戒严令》涵盖的台湾与澎湖等中华民国目前所统治地区发生的政治案件受难人，这意味着中华民国对于《全国戒严令》实施下的中国大陆地区（新疆、西康、青海及西藏除外）政治案件不予处理。再者，1999年颁行的《国军军事勤务致人民伤亡损害补偿条例》，于其第2条明文规定补偿之范围只限1949年12月9日中央政府迁台后之台湾地区人民，一刀切地排除掉1949年12月9日之后中华民国还实际统治一段时期的大陆地区战争损害而不予军事补偿。这些地区包括云南省蒙自县与开远县周边地区（至1950年2月20日）、西康省西昌县（至1950年3月27日）、海南特别行政区（至1950年5月
1日）、福建省东山县（至1950年5月12日）、浙江省舟山群岛各县（至1950年5月19日）、广东省万山县（至1950年8月）、和浙江省大陈列岛（至1955年2月）。
《促进转型正义条例》的「威权统治时期」概念远大于「戒严时期」，地域效力也未规定，也就创造出与既有转型正义工程时空效力之间的判断余地，此该如何解释。依本文之见，这就需要与中华民国在1949年10月前后的国家同一性问题来结合思考，也就是说，当中华人民共和国1949年10月1日建国之后，在 法理上，可认为中华人民共和国已以镇压反革命运动为中国大陆人民在法律和政治上清算了中华民国在中国大陆地区的国家不法责任，所以中华民国方只需要处理台湾地区人民的问题，这也就意味着1949年12月迁都台北以后的中华民国与之前的中华民国是不完全的国家同一性关系，只承担台湾地区的国家责任，因此1952年《中华民国与日本国间和平条约》只承认中华民国对于台湾地区（台澎金马）的主权和国际法权利，日本对中国大陆地区的战争责任必须靠1978年《中华人民共和国和日本国和平友好条约》来了结，因而中华人民共和国只能是中华民国的部分国家继承，这也在中日结束战争状态的和平条约缔结实践上获得证实。
我国和东欧共产主义国家的转型正义性质还有一个根本的区别，东欧国家的民主转型属于置换（Replacement）模式，也就是革命，是更改国号或重新制宪后的新政权对旧政权的政治清算和责任追究，我国则是在台湾的中华民国政府从国民党执政时期便开始的在民主化后对于自身威权统治之国家不法责任的承担。关于《促进转型正义条例》的实施和解释，在既有中华民国宪法秩序的框架下，对于中华民国在两岸分裂以及民主转型前后的国家同一性问题，乃需要有正确的理解。
民国一○八年六月二十四日九时半
台北晴园
