一八九一年七月，康有为刊刻出版他的《新学伪经考》一书，在此书中，康有为继承和发展了近代龚自珍、魏源、廖平等思想家对汉儒以来占主流的儒家古文经学的质疑和批评，进一步对所有古文经学进行更为彻底的批判和否定，认为古文经学是东汉儒家刘歆为王莽篡汉而篡改伪作的、是伪经，东汉以来经学多出刘歆伪造，“始作伪，乱圣制者，自刘歆；布行伪经、篡孔统者，成于郑玄”(《新学伪经考》第2页)，刘歆的伪经与孔子无涉，是歪曲了孔子思想的“新学”，这个新学和伪经是后世一切恶行败德的罪魁祸首。“阅二千年岁、月、日、时之绵暧，聚百、千、万、亿衿缨之问学，统二十朝王者礼乐制度之崇严，咸奉伪经为圣法，诵读尊信，奉持施行，违者以非圣无法论，亦无一人敢违者，亦无一人敢疑者。”(同上)但现在看来，康有为的批判并不彻底，篡孔的“伪经”并非自刘歆始，而是起自汉儒及其集大成者董仲舒。
但是，康有为还是抓住了儒家篡孔的要害之处：伪而篡之。“伪”是儒家勃兴的重要手段，到头来亦是陷自己于自相矛盾而为世人遗弃的关键所在，盖因儒家藉“独尊儒术”这样政治权力的加持下，早已经停步不前、丧失了理论的自我发展能力。下面我们先来分析，儒家的主要理论是如何在应用于社会实践中发生混乱、最后自溃的。
儒家的基础性理论主要是“三纲五常”，其中“五常”(仁义礼智信)是最重要的道德规范，这些概念是来源于孔孟的有关思想论述，但是，不可否认的是，孔子孟子对有关概念的论述并没有充分展开，缺乏明确的含义内容；例如，对于“什么是仁？”，孔子在《论语》中并没有对这一概念作出明确的规定，而是根据学生的不同提问，作出有不同的表述，集中如“仁者先难后获”(《论语》6.22)、“克已复礼为仁”(12.1)、“樊迟问仁，子：爱人”(12.22)。对于“什么人可以被评为仁人？”的评价问题，孔子也是因人而异，如“能行五者(恭宽信敏惠)于天下为仁”(17.6)，当时杰出政治家管仲虽然存在诸多重大缺点：不节俭和不知礼(3.22)，但孔子最后却认为管仲是仁人：“桓公九合诸侯，不以兵车，管仲之力也，如其仁，如其仁。”(14.16)可以看出，孔子有关“仁”的论述是散乱的和多义的，儒家的“五常”的其他概念莫不如此。
这时就隐含着一个严重的内在问题：儒家向社会提供的诸多道德规范，但没有相应的明确内涵规定，相应也缺乏评判标准，在实践中缺乏可操作性。例如，儒家似乎也提供了学生学习和修练道德修养的途径，在《大学》一书中在明确指引：“物格而后知至，知至而后意诚，意诚而后心正，心正而后身修，身修而后家齐，家齐而后国治，国治而后天下平。”暂且不论这些行动的跃升有否充分的前后关联的因果关系，就以从第一步实施的行为来看，也是蒙然无头绪，没有操作性。明朝创立儒家心学流派的王阳明，当他刚刚开始学习儒家知识，希望按这套流程修养成“圣人”时，他依朱熹“格物致知”的说法从“格竹子”开始，希望有所获“知”，他坐在花园时盯着竹子看了七天七夜，结果没能格出“知”来，反倒得了着凉感冒，差点把自己的小命给格掉，才发现“格物致知”根本不可行，枉论后面的“正修齐治平”。历史上多少学子面临这种无门而入的困境，在人生第一步上就被禁步不前。
正因为道德规范的内涵含混不清，学习方法也流于空谈，这种认知的贫乏状况在权力维持下长时间续存，对社会和人民的伤害是极大的：一是浪费了历代历朝的人才，读书人只能在这一划定的框架下自我摸索，成才变成了随机的事件，学识与深度成了可遇而不可求，时代也随这种人才的偶然性变得兴衰交替。二是社会的知识和智慧的积累、进步和迭代变得不可能，因为个人的知识更多依靠自我摸索和感悟，缺乏知识传承所需要的确定性，没有知识的传承就没有知识积累后新思想的爆发，所以，社会总的知识只能在低水平的纬度上徘徊，当社会历史在新的发展点上进步时，这种旧的儒家理论仍死死拖住不放，最终在天灾人祸的催化下导致崩盘，社会和人民只能在朝代更迭的毁灭中轮廻。三是由于儒家理论缺乏明确性，那么以这种不明确的儒家理论为基础的人才培养、科举考试、官员任命和社会管理，都带有人为随意性，在很多情况下，读书人的成功靠得不是学识，而是出身、演戏和作伪，对师长投其所好，对皇帝揣测上意，这就产生和不断加强的是名义和人身的投靠和依附，这正是专制政治的重要思想来源。
因为道德判断与道德规范的分离，致使不法之徒以虚假、伪装之面孔，轻易骗取道德上符合五常的桂冠，进而谋取政治权位，获得极大私利。但最终导致的是人民对儒家理论的怀疑、抵触、最后抛弃，所以后世出现了大量负面评价儒家伦理的词汇：假仁假义、伪善、大奸似忠、阳奉阴违、大智若愚等等。在社会中理论与实践脱离，真假难辨，社会角色不断反转，纷繁呈现，使人难以分辨：失德者可以包装为圣人；愚者靠权力而可占领讲台；受贿者成为公正的裁判人；名声扫地者可以光宗耀祖，不一而足。这最终导致了社会道德混乱和权威丧失，儒家理论虽有孔子道德教化之名，却无道德实践之实，失去了公信力，最终的理论崩解是不可避免的。
所以，儒家对孔子思想的认识是肤浅的，他们获得的是表面的一些概念，但也就浅尝即止，没有深入而全面开展认识孔子思想，就像强行剪取了“仁义礼智信”这些眩目耀眼的众多花朵，妆扮在他们单薄的体系上，但花朵离开了枝杆和根须，得不到水分和营养的补充，慢慢枯萎，直至凋谢。换句话説，孔子思想的理论内涵不应只是儒家所述说的范围，它本身应是一个连贯相通、内部逻辑严密的体系，这需要我们作深入的认识和发掘出来。
孔子思想集中反映在《论语》一书中。按理说，该书已经二千多年的和不计其数儒者的研读，对其中的孔子思想应进行了全面和精确的解读了。但遗憾的是，由于儒家的垄断和把持，儒家的认知只停留在肤浅的表面。相反，如果我们解放思想，不设前提，引入逻辑和理论思维重新进行阅读，将其内部结构和底层逻辑绘出，就会发现孔子真正的内在理论思维脉络其实是与现代文明结构是相通的。
《论语》并非是孔子本人所著，成书于孔子之后，只是他的弟子记录和忆述孔子的教学问答和在社会活动中与其他人的对答。这可以引伸出明确的两点：一是弟子对老师的所想所述是漫记式，孔子并没有看过或审阅过这本册子，更没有进行修改以表达自己的确切思想；二是主要记录的是在教学或游学中的论述，没有统一讲义或教案，众多弟子各自学到和领悟的方面是参差不齐的。要从中发现并提炼出孔子思想的结构，这是多方面进行考察，特别是孔子自身的实践活动。孔子除了短期任过官职，一生从事的主要工作是教育，他是中国首创平民教育的先行者，他的教育理念有两大特点：
一是有教无类，“子曰：有教无类。”(15.39)，招收学生不分类族和层次，愿意学习并支付一些费用即可入读：“自行束脩以上，吾未尝无诲焉。”(7.7)所以，孔子的学生众多，传说有三千人之多；
二是因材施教，孔子对他学生弟子个性和天聪非常明了，曾有过仔细的分类：“德行：颜渊、闵子骞、冉伯牛、仲弓。言语：宰我、子贡。政事：冉有、季路。文学：子游、子夏。 ”(11.3)“由(子路)也果，……赐(子贡)也达，……求(冉有)也艺，于从政乎何有？”(6.8)在了解了弟子的特点后，有可以有针对性地因材施教，“子曰：中人以上，可以语上也；中人以下，不可以语上也。”(6.21)
这样看来，我们有理由相信，在孔子的弟子中，起码存在三个层面的学生：
第一类是智力平平者，这类人只是想读书识字，或只想学习各类实用的技术，对观念或理论的东西不感兴趣，但孔子志不在此，确实也不懂，平时和蔼的老师难得刻薄了一回：“樊迟请学稼。子曰：‘吾不如老农。’请学为圃，曰：‘吾不如老圃。’樊迟出。子曰：‘小人哉，樊须也！上好礼，则民莫敢不敬；上好义，则民莫敢不服；上好信，则民莫敢不用情。夫如是，则四方之民襁负其子而至矣，焉用稼？’”(13.4)这类人应该只是短期聚于孔门之下，他们在《论语》的写作中没有什么贡献。
第二类是智力中等的弟子，根据“帕累托法则”，这类弟子人数占比为多，孔子对这大部的弟子付出的时间和精力最多，但教授程度则以能接受为限，如孔子思想中结论性的概念：仁孝礼等等，这些都与人们的工作生活相通，极易为弟子领会、接受和运用。《论语》也因这部分众多弟子的记述而内容庞大，历史上儒家大多接受这类弟子的记述内容。
第三类应是孔子认为与他有着思想投契之感的聪明弟子，愿将自己深层次的思想传授，即“中人以上,可以语上也”。例如曾对话弟子曾参，“子曰：‘参乎！吾道一以贯之’。曾子曰：‘唯’。子出，门人问曰：‘何谓也？’曾子曰：‘夫子之道，忠恕而已矣。’”(4.15)这是《论语》中非常重要的对话，孔子选择与曾参交流，显然认为曾参是“可以言上也”，朱熹在《四书章句集注》中是赞同程颢的判断：“圣人教人各因其才，吾道一以贯之，惟曾子为能达此，孔子所以告之也。”(第72页)但是，这个内容的重要性长期受到忽视，是后世儒者解读缺失的部分，这应该是打开孔子思想体系大门的重要钥匙。
在曾参与孔子老师的问答记述中，可以显示出孔子对自己深层思想的少见的直接表述，孔子认为自己的核心思想并非是“仁”，如果是的话，孔子可以直接说：吾以仁一而贯之。所以，虽然仁在《论语》中被记录的次数最多，但不能把孔子思想简单等同于“仁学”。那么怎样理解这短短的几句问答呢？
首先在数量上有差异，孔子提出的是“道一”在自己思想中的“贯之”，曾参却转头向门人解述为“二”：忠恕。这似乎有前后不连贯之嫌，如果不能很好解决其中的逻辑联系，则就会困扰后来阅读者的理解。程朱试图用“体用说”解释“道一”，强行将忠恕合而为一，忠是体、恕为用，一里一面，同一个东西。这种解释强差人意，不能令人悦服。后程朱进一步求助于“理一分殊”的解释，即“合天地万物而言，只是一个理；及在人，则又各自有一个理。”也就是现在所说的一般规律与个别现象，思路是对的，但理学用语艰涩难懂，论述如虚似幻，并没有受到普遍接受，事实上他们的阐发也不能揭开孔子的思想内涵。
结合后来曾参对孔子思想的重视部分，也可以从中窥见孔子思想的意义所在。现存的《中庸》是受朱熹极为看重和推崇的四书之一，其重要性几与《论语》等量齐观，《中庸》一书作者是孔子之孙子思所作，子思师从曾参，曾参获孔子的倾囊相授，然又将所得授给子思，其中必定是重点传授孔子的“道一”，子思由此专门著书阐发中庸思想。综观众多孔子弟子，并没有弟子重视中庸思想、更没有深入去思考探讨的，所以，结合上下文，孔子的“道一”就是“中庸”，“中庸”是贯穿孔子思想的道一，但这个思想当时弟子普遍无法理解和领会，所以，曾参就改用“忠”与“恕”这二个容易理解的概念来分别解析中庸的含义，指出中庸可分解为忠和恕。至此，我们可以作一情境回放：孔子对曾参说：我学问最重要的是中庸啊，并贯穿我思想的始终，曾参表示领会。出来后遇到门人疑问，曾参鉴于门人的智力不递，直接转述不能达意，所以转换到门人能理解的层面来回答：哦，老师说的呀，就是老师平时说的忠与恕啊。
至此，我们就可以得出孔子思想的逻辑结构了：底层的部分就是中庸，这是体系的基础部分，也是树的根须；第二层就是“忠”和“恕”，这是树干部分，提供了进一步需要的内涵及评判标准；第三层就是花朵果实，是结论性的“诸善”：忠、信、仁、义、孝、让、勇、智八种德行,以及国家礼制等概念。只有打破儒家二千多年来对孔子思想解释的垄断和对国家意识形态的独占，充分做到学术自由和竞争，才能引领中国学术水平提高，最终促进社会意识和文明的进步，在源头上杜绝走向政治独裁的思想混乱。
